Según el sitio web de este emblemático museo, en una de las más importantes edificaciones de la Colonia construidas en el centro de la ciudad de Santiago de Chile y a una cuadra de la Plaza de Armas, funciona esta importante institución cultural. Este edificio fue construido en 1805 para albergar al Palacio de la Real Aduana inicialmente y durante la administración colonial, obedeciendo un estilo Neoclásico. Luego, en 1635 la Compañía de Jesús instaló en dicha edificación, el real Colegio Convictorio de San Francisco Javier, que años después se convirtió en el Convictorio Carolino de Nobles.

Durante la República se utilizó por la Biblioteca Nacional y desde 1845 se convierte en la sede de los Tribunales de Justicia. Hasta que en 1968 un voraz incendio destruyó por completo sus instalaciones desapareciendo todos los archivos. Afortunadamente, durante la década de 1980 y mediante sucesivas obras de restauración, el Palacio de la Aduana fue reconstruido para destinar sus nuevas instalaciones al uso del Museo.